Průřezová  témata jsou  zásadní  oblasti,  kterými se  musí  předkládaný  projekt zabývat  již  od  fáze  přípravy. Nemají  vlastní  finanční  alokace,  protože  jsou  naplňována programovými  opatřeními.  V  ČR jsou  následující horizontální  priority  strukturálních  fondů: rovné  příležitosti, životní  prostředí, informační  společnost,  vyvážený  rozvoj  regionů.